В 60-ые годы формирование крупных территориально-промышленных комплексов в Сибири и на Востоке страны поставило множество медико-биологических проблем по изучению взаимодействия организма человека с большим комплексом производственных и экологических факторов. Снижение заболеваемости, эффективная профилактика, сохранение и развитие здоровья человека требовали создания подлинной «индустрии здоровья» на основе глубокого изучения физико-химических, молекулярно-биологических, системных закономерностей жизнедеятельности человека.

Решением Президиума Совета Министров СССР (Протокол № 17 от 6 мая 1970г.) и приказом Министра здравоохранения № 545 от 10 августа 1970г. в Новосибирске был организован Сибирский филиал Академии медицинских наук СССР и Институт клинической и экспериментальной медицины (ИКЭМ). Первым председателем Сибирского филиала и директором ИКЭМа стал инициатор организации филиала в Сибири, в то время ректор Медицинского института, академик АМН В.П.Казначеев.

Новому академическому институту были определены следующие основные направления научной деятельности: изучение физиологических, биологических и иммунологических изменений в организме человека в процессе адаптации; разработка систем профилактики и лечения острых и хронических заболеваний различных систем организма, возникающих в процессе адаптации.

В ИКЭМе были начаты исследования феномена адаптации и резервов здоровья, путей предупреждения и лечения хронических процессов, столь характерных для Сибири и Дальнего Востока, на основе выявления фундаментальных эволюционно-психобиологических и физиологических закономерностей. В разные годы в ИКЭМе выполняли работы в рамках различных целевых научно-практических программ. По результатам программы "Адаптация человека" была сформулирована концепция синдрома полярного напряжения, «Здоровье человека в Сибири» - показано нарастание процессов экологического утомления сибирских популяций. В Программе «Пятилетка здоровья» была разработана система жизнеобеспечения крупного промышленного города Норильска.

Для применения на практике научных разработок в ИКЭМе в 1982 году была открыта клиника на 200 коек.

За время деятельности ИКЭМ (1970 – 1991 гг.) его сотрудниками опубликовано 3219 научных работ, в том числе 82 монографии, сделано 1394 доклада на конгрессах, симпозиумах, конференциях у нас в стране и за рубежом, подготовлено 28 докторов и 135 кандидатов наук; 8 человек стали членами и член-корреспондентами Российской Академии Медицинских наук.

Междисциплинарный институт ИКЭМ изначально был организован так, чтобы создавать внутри себя коллективы, в перспективе готовые выделиться в самостоятельные НИУ. В 1981г. на базе одного из отделов ИКЭМ был сформирован Институт клинической иммунологии, а в 1988г. - Институт биохимии СФ АМН СССР. В 1992 г. в соответствии с Постановлением Президиума РАМН № 42 от 10.06.92 г. ИКЭМ был реорганизован в НИИ общей патологии и экологии человека СО РАМН с выделением из его структуры трех самостоятельных НИИ, входящих в состав СО РАМН: НИИ региональной патологии и патологической морфологии, НИИ молекулярной и экологической патологии и НИИ медицинской и биологической кибернетики.

За время деятельности НИИ общей патологии и экологии человека (1992 – 1998 гг.) его сотрудниками опубликовано 465 научных работ, в том числе 37 монографий и сборников трудов, сделано 366 докладов на конгрессах, симпозиумах, конференциях у нас в стране и за рубежом, получено 20 патентов, подготовлено 15 докторов и 17 кандидатов наук.

В 1998 году при реорганизации НИУ СО РАМН на базе НИИ общей патологии и экологии человека СО РАМН приказом РАМН № 52 от 24 сентября 1998г., приказами СО РАМН № 7П от 8 июня 1998г. и 21П от 5 октября 1998г. создан Научный центр клинической и экспериментальной медицины СО РАМН, который стал правопреемником ИКЭМа. Директором созданного Центра стал член-корреспондент РАМН, д.м.н, профессор Денисов Валерий Николаевич

С 2001 года директором Научного центра клинической и экспериментальной медицины является Заслуженный деятель науки РФ, академик РАН, д.м.н., профессор Шкурупий Вячеслав Алексеевич.

За время деятельности ФГБУ «НЦКЭМ» СО РАМН (1999 – 2012 гг.) его сотрудниками опубликовано 1214 научных работ, в том числе 110 монографий и сборников трудов, сделано 834 доклада на конгрессах, симпозиумах, конференциях у нас в стране и за рубежом, получено 44 патента, подготовлено 22 доктора и 49 кандидатов наук.